明清书院的发展可以说是几度兴衰。明初，因为汉族统治恢复，提倡科举，重视官学，士人也都热衷于正统学业，书院受到冷落。明中叶后，因为科举越发僵化，官学有名无实，一些理学家为救治时弊，多立书院，授徒讲学，于是，书院兴盛起来。当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。他们驻足之处，必建书院，聚徒讲学。他们提倡心学，在理学中别树一帜。他们的弟子后学继续建立书院，聚徒讲学，于是，书院讲学之风盛行一时。书院的自由讲学与统治者的文化专制不相容，明中叶后日趋腐败的政治必然遭到儒家士大夫的批评，双方的矛盾越来越加强。所以，从嘉庆、万历以后，朝廷先后四次下令禁毁书院。