清朝(公元1644—1911年)是蒙古族教育广泛而深入发展的时期。

清代的教育行政制度十分完善。国子监既是中央一级的高等学府，又是中央的教育行政机关。内设祭酒、司业、监丞等官，分管各类事务，颁发各种教令。雍正时复设管理监事大臣，地位在祭酒、司业之上。由于国子监有满、蒙和汉军旗籍的学生，故设官亦满、蒙、汉兼用。蒙古人任国子监祭酒的有梦麟法式善、花沙纳王。祭酒、司业的选拔要求极高。一般由大学士、尚书或侍郎充任。清末改在中央设立学部，以管理全国的教育事业。在地方上，顺治初各省设提学道，江南设提学御史。后来各省设提督学政，管理该省的教育行政事务、各府州县的岁考以及教师的审查考核，另在奉天专设府丞，管理奉天和吉林的学政事务。清末，各省改设提学使司，在厅、州、县设立劝学所。 清代蒙古族的学校，有官学和私学两种，官学又有中央的和地方的两类。

19世纪末叶以前，蒙古族所入的中央级官学主要为国子监，其次是国子监算学和八旗官学。国子监或称太学、国学，立于顺治元年(公元1644年)。学生的来源大致有两个，一为贡生，一为监生，统称为国子监生。贡生又可分为：府、州、县按照定额选送的“岁贡”；遇有皇室庆典(如登极、寿诞)特发旨各省选派的“恩贡”；每隔十二年(一度为六年)从地方科试一二等中选出的“拔贡”；无定期从地方学校选拔出来的“优贡”；乡试取为副榜而派送入监的“副贡”等。监生一般是由国子监直接收录的，有恩监、荫监、优监、例监四种。蒙古族的国子监生，以恩、荫为多，这当是蒙古族中勋臣、重臣多的缘故。不过蒙古族的俊彦得为拔贡之类者，亦不乏人。国子监设率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为讲肄之所，所学为四书》、《五经》、《通鉴》、《性理》诸书，以及八股、策论和写字等。考查有日课、月课、季考、岁终甄别、期满议叙各项。

清代蒙古族的地方官学比较发达，立学地域之广，数量之多，可谓极一时之盛。能考知的官学有；盛京八旗官学、归化城蒙古官学、绥远城蒙古官学、绥远城翻译官学、热河蒙古官学、镶红旗蒙古官学、正红旗蒙古官学等。

蒙古族的私学主要为王公家馆和乡村私塾。清末，有的王公开始设立家馆。作为子孙的学习处所。至于私塾，则遍布各地，并且出现了集体办学形式，即或者一村合办，或者数户合办，或者异村数户合办。私塾的设立延至民国时期，它对蒙古族的教育、文化事业曾经起过重大作用，许多文学、历史、语言、翻译、法律的杰出人物，都是从这里培养出来的。

清代蒙古族的学校教育虽盛，但因统治者以科举为选拔人才重要手段，所以学校基本上是科举的附庸，是为科举服务的场所。然而。科举也对学校的发展起了一定的促进作用。

蒙古族在清代可应文、武、翻译三种科举考试。其试程一般分为四级。一为童生试，凡经县试、府试、院试合格者称为“生员”，通称“秀才”。二为乡试，这是秀才参加的省一级考试，考中者称为“举人”。三为会试，它是举人参加的中央一级考试，考中者称为“贡士”。四为殿试，皇帝亲试贡士于廷，中者分为三甲。一甲三名；状元、榜眼、探花。“赐进土及第”；二甲若干名，“赐进士出身”；三甲若干名，“赐司进士出身”。清代蒙古族各种进士、举人甚多，兹不俱述。

19世纪70年代以后，改良主义思潮迭起，在文化教育上要求废除科举、兴办学堂。于是出现了一批新式学校，清政府也先后颁发了《钦定学堂章程》和《奏定学堂章程》，并于光绪三十一年八月1905年9月)诏令“立停科举”。从此，蒙古族的教育进入了一个新的时期。

当时蒙古族就读的新式学堂，在京师的有满蒙文高等学堂、理藩部蒙古学堂、陆军贵胄学堂、殖边学堂等。在地方的有绥远城武备学堂、喀喇沁右旗三学(崇正学堂、毓正女学堂、守正武备学堂)。科尔沁左翼三旗蒙汉小学堂、沈阳蒙文学堂、喀尔喀部蒙古小学堂，科布多地区蒙文小学堂，青海蒙番学堂等。这里所举虽非全部，但亦可见新式学堂之盛。同时，在有识之士力倡“办理学堂，首重师范”的声浪里，师范学校出现了，其中关涉到蒙古族的有京师大学堂优级师范科，黑龙江满蒙师范学堂，乌里雅苏台初级师范学校等。另外，大约从光绪二十七年(公元1901年)开始有蒙古族学生赴日本留学，其后人数逐渐增多，不仅国家派遣，有的地方王公也派遣。特别是其中有女留学生，这在当时是很难得的。

清代在蒙古族中出现了一批教育家和思想家，著名的有尹湛纳希、罗卜桑悫丹和荣庆。这些人比较进步的教育思想及其实践，曾对蒙古族的教育事业产生过一定的影响。