在医学理论方面，隋大业六年（公元六一0年）太医博士巢元方等受命对前人的医疗经验进行总结，编著成《诸病源候论》一书。这是中国历史上内容最丰富的探讨病因病机的一部专著。全书五十卷，分六十七门，有1720论，论述了内、外、妇、儿、五官等各科疾病的病因、病理和症状。其中对一些疾病的起因有不少创见，突破了前人的定论，发现和描述了一些真正的病源。
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