明清书院的发展可以说是几度兴衰。明初，因为汉族统治恢复，提倡科举，重视官学，士人也都热衷于正统学业，书院受到冷落。明中叶后，因为科举越发僵化，官学有名无实，一些理学家为救治时弊，多立书院，授徒讲学，于是，书院兴盛起来。当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。他们驻足之处，必建书院，聚徒讲学。他们提倡心学，在理学中别树一帜。他们的弟子后学继续建立书院，聚徒讲学，于是，书院讲学之风盛行一时。书院的自由讲学与统治者的文化专制不相容，明中叶后日趋腐败的政治必然遭到儒家士大夫的批评，双方的矛盾越来越加强。所以，从嘉庆、万历以后，朝廷先后四次下令禁毁书院。但是，因书院有广泛的社会基础和强大的生命力，很快又得以恢复。

明代最著名的书院是位于江苏无锡的东林书院。原为宋代学者杨时讲学的场所。明正德年间，乡人邵宝继承杨时讲学之志，重建书院，谓之“东林”，王阳明为之作序。万历三十二年（1604年），被明政府革职的顾宪成和高攀龙等复建东林书院，扩大规模，聚徒讲学，并订立《东林会约》。正如顾宪成为书院题的对联所说的：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。书院以追求“为圣为贤”的“实学”为务，常议论朝政得失，抨击权贵，揭露腐朽。每逢会讲，远近赴会者常数百人，就连“草野齐民”、“总角童子”，也可以到书院听讲。于是，在江南形成一个著名的学派——东林学派，影响则蔓延到全国,东林党人在京师也办起了首善书院，打破了都门不敢讲学的戒律。东林学派与以魏忠贤为首的宦官集团尖锐对立，于是再一次招致“尽毁天下书院”的迫害行动。东林书院被毁废，东林党300多人被逮捕、杀害。

清代初年，统治者推崇科举和官学，对书院采取抑制的态度。顺治九年（1652年），明令教官、生儒务将平日所学经书义理躬行实践，不许别创书院群聚徒党，空谈废业。但是一些思想家和教育家仍坚持书院的讲学活动。南有黄宗羲讲学于海昌、姚江等书院，北有颜元主讲于直隶漳南书院，西有李顒主讲于陕西关中书院。在这种禁而不止的形势下，清政府感到抑制书院的政策不行，还不如加以提倡，使它为我所用。雍正十一年（1733年）诏谕在各省设立书院，同时采取了一系列措施，加强对书院的管理和控制。书院的生徒，由各州县选拔。对山长、教师的考核、惩罚、提调，也由地方当局办理。政府为书院拨给经费或置学田，使其经费有所保证。

由于官学和科举已完全合流，而官学的教学容量又很有限，所以也需要兴办书院作为官学教育的补充，特别是向生员提供学习场所。这类的书院占到清代书院总数的90％以上，在教学内容上，以科举文字的训练为主，实际上可以看作是官学的分校或官学的读书场所。如北京的金台书院，就是由顺天府主办，供国子监贡监生、京师生员在此修业，也招收部分童生，官方给予生活津贴（称为“膏火”）。一些大书院的建筑，已与官学相通，也有孔庙之设，同时又体现书院读书学习的典雅特色。清代中后期，书院高度发达，遍布各地，连少数民族聚居地方也办有书院。尽管大多数书院已官学化，但毕竟还是读书学习的场所。也有部分书院仍保持研究型的本色，如嘉庆、道光年间著名学者阮元创办的杭州诂经精舍和广东学海堂，就是当时训诂考据学研究与教学的重点场所。“专勉实学”是两所书院的教学宗旨，注重扎扎实实做学问，编撰出版了1400卷的巨著《皇清经解》。还出版了《沽经精舍文集》和《学海堂集》，体现了治学的巨大成果。